O uso compartilhado da infraestrutura do CMRMN/UFPR é garantido por um Comitê Gestor Central que inclui (i) os coordenadores dos laboratórios multiusuários, (ii) as Chefias dos departamentos de maior demanda; (iii) quatro usuários avançados da técnica de RMN indicados pelas plenárias departamentais. Além do Comitê Central, cada Unidade componente do CMRMN possui um Comitê Gestor Local, cuja composição é regulada pelo Regimento Interno.